由于液相色譜儀系統(tǒng)常用的流動(dòng)相多是易燃、易爆的有毒化學(xué)溶劑，因此液相色譜儀所處的環(huán)境必須是通風(fēng)的并且液相色譜儀所在房內(nèi)無任何能引發(fā)火災(zāi)的火花產(chǎn)生源（如明火、吸煙或其它可產(chǎn)生火花、明火的設(shè)備），否則容易引起中毒或火災(zāi)等安全事故。

　　由于液相色譜儀是配合液相柱使用，形成高壓流體輸送液相色譜儀系統(tǒng)，溶劑的壓縮性與泵頭壓力易受到外界溫度的影響，為確保流量度的高可靠性，請(qǐng)安裝空調(diào)予以恒溫。由于液相色譜儀溶劑的危險(xiǎn)性，房內(nèi)應(yīng)配置消防設(shè)備以及處理溶劑所能引發(fā)對(duì)人體傷害時(shí)的應(yīng)急措施（自來水、清潔液、急救等）。

　　液相色譜儀使用的溶劑必須是HPLC或相當(dāng)于該級(jí)別純度的試劑，使用前必須用0.45μm或更細(xì)的濾膜加以過濾，使用水配制流動(dòng)相時(shí)，應(yīng)使用超純水或蒸餾水。

　　注意：溶劑流動(dòng)相必須除去顆粒物，以免劃傷柱塞桿密封圈，堵塞分析柱或單向閥組件。注意到這些，將能確使液相色譜儀正常操作并能延長液相色譜儀的使用壽命。

　　含有鹵離子的流動(dòng)相，將會(huì)腐蝕不銹鋼的管路及零部件，因此應(yīng)盡量避免使用此類溶劑（RX）。若必須使用，應(yīng)控制鹵離子的濃度，并在分析結(jié)束后及時(shí)用水清洗整個(gè)HPLC系統(tǒng)。